研究院设立“三会一班”，分别为管理委员会、研究院院务会、专家咨询委员会和开发区专班，共同负责研究院的运行，实行管理委员会领导下的研究院院长负责制。

管理委员会为研究院的决策机构，负责研究院重大事项决策，由9名成员组成，甲、乙方各委派3名，其余3名由省市职能部门或省市行业协会、国内外知名药企高管、投资公司委派。

研究院院务会作为研究院的执行机构，设院长、执行院长各1名、副院长2-3名。

研究院专家咨询委员会为研究院建设提供指导、咨询和项目遴选等支撑，并设立专家库。专家委员来源多样化，包括产业界、学术界和投资界等领域专家。

研究院专班由临平区国家级杭州余杭经济技术开发区及临平区政府相关部门委派，专班办公室设在开发区创业创新局，与研究院下设的各职能部门，共同成为研究院的保障体系。