研究院由行政服务机构和创新医药孵化平台两部分组成。

行政服务机构包括综合办公室，项目管理部、和财务部门。综合办公室负责研究院的日常运行和各项工作的执行；项目管理部负责推进研究项目的跟踪和落实；财务部门负责处理研究院的各项财务工作。

创新医药孵化平台首期重点建设打造“药物靶点筛选平台”和“药效评价平台”。孵化平台均为独立法人公司，以市场化模式进行运行。